DESAIN DAN UJI PRIMER SPESIFIK UNTUK IDENTIFIKASI JENIS TIKUS PADA FESES GARANGAN JAWA (Herpestes javanicus)

Siregar, Stephanie Rani Tiurma (2019) DESAIN DAN UJI PRIMER SPESIFIK UNTUK IDENTIFIKASI JENIS TIKUS PADA FESES GARANGAN JAWA (Herpestes javanicus). S1 thesis, UAJY.

Preview	Text (Halaman Awal) BL016170.pdf Download (1MB) | Preview
Preview	Text (Bab I) BL016171.pdf Download (201kB) | Preview
Preview	Text (Bab II) BL016172.pdf Download (264kB) | Preview
	Text (Bab III) BL016173.pdf Restricted to Registered users only Download (364kB)
	Text (Bab IV) BL016174.pdf Restricted to Registered users only Download (447kB)
Preview	Text (Bab V) BL016175.pdf Download (705kB) | Preview

Abstract

Garangan jawa (Herpestes javanicus) memiliki peran sebagai agen pengendali biologi terhadap populasi tikus. Salah satu cara yang dapat digunakan untuk mengetahui kemampuan garangan jawa sebagai agen pengendali biologi terhadap tikus adalah dengan mengkonfirmasi keberadaan tikus sebagai salah satu mangsa yang dimakan oleh garangan jawa. Jenis tikus yang dapat dikendalikan oleh garangan jawa dapat diketahui dengan melakukan identifikasi jenis tikus yang dimangsa garangan jawa menggunakan. Pendekatan molekuler menggunakan single primer dapat dilakukan untuk mengidentifikasi jenis tikus yang dimangsa garangan jawa. Penelitian ini bertujuan untuk mendesain dan menguji primer spesifik dalam mengamplifikasi gen COI region 1 untuk identifikasi jenis tikus pada feses garangan jawa (Herpestes javanicus). Sampel yang digunakan pada penelitian ini berasal dari feses garangan jawa. Uji primer spesifik dilakukan untuk mengetahui spesifitas dan efisiensi dari desain primer spesifik, baik secara in silico maupun secara in vitro. Hasil desain primer spesifik menggunakan aplikasi SP-Designer V7.0 terdiri dari 5 pasang primer, primer MMU untuk Mus musculus, RTA untuk Rattus tanezumi, RTI untuk Rattus tiomanicus, BIN untuk Bandicota indica, dan RAR untuk Rattus argentiventer. Primer spesifik yang didesain secara in silico memiliki spesifitas yang baik (dari hasil blast diketahui primer dapat melekat tepat pada sekuen spesies target) tetapi efisiensi yang kurang baik (dapat membentuk struktur sekunder). Pengujian secara in vitro menggunakan touchdown PCR yang dilanjutkan dengan sekuensing memberikan kelima pasang primer spesifik dapat mengamplifikasi dan menghasilkan amplikon yang spesifik, sehingga menandakan secara in vitro primer spesifik memiliki spesifitas dan efisiensi yang baik.

Actions (login required)

View Item